Le FPIES est un trouble peu commun qui affecte un peu plus les hommes que les femmes. L'incidence et la prévalence sont inconnues. Comme la plupart des affections allergiques, le nombre de cas de SPIE a augmenté au cours des dernières décennies. La nature variable du trouble, le manque de reconnaissance de la part du corps médical et les erreurs de diagnostic fréquentes rendent difficile la détermination de la fréquence réelle du SPIE dans la population en général. Cependant, dans des études menées en Israël et en Australie, ils ont estimé l'incidence à 0,34%. Le FPIES affecte le plus souvent les nourrissons ou les jeunes enfants. Dans de très rares cas, le FPIES s'est développé chez des enfants plus âgés ou des adultes en réaction aux mollusques et crustacés.