Le traitement de la maladie granulomateuse chronique consiste en un traitement antibiotique continu pour aider à prévenir les infections, telles que le triméthoprime et le sulfaméthoxazole pour une protection contre les infections bactériennes, et l'itraconazole pour une protection anti-fongique. Les infections nécessitent généralement des antibiotiques supplémentaires. Les corticostéroïdes sont également utiles dans le traitement des complications granulomateuses. Les greffes de moelle osseuse ont été couronnées de succès chez certaines personnes atteintes de DMC.
Le médicament orphelin Actimmune (interféron gamma-1b) a été approuvé par la Food and Drug Administration (FDA) pour le traitement de la maladie granulomateuse chronique. Actimmune est distribué par Horizon Pharma.
Le conseil génétique est recommandé pour les personnes touchées et leurs familles. Les autres traitements sont symptomatiques et de soutien.